時事通信によれば、「厚生労動省は、被災企業を対象に健康保険料、厚生年金保険料を3/1から遡って最大1年間免除する方針を固めた。」

詳細は不明ですが、阪神淡路大震災では以下の様な特例措置が設けられました。
○標準報酬改定の特例
　　震災後、社員の給与が著しく低下した場合、その月から標準報酬を改定する。
○健康保険料、厚生年金保険料の免除
　　給与が著しく低下した場合、保険料（事業主、加入者）を免除する。
○上記措置については厚生年金基金についても同様（免除保険料相当）